ביה"ס מקיים תכניות לימודיות יחודיות בשכבות השונות:

שכבת ז'	ה"בר מצווה" - נושא שנתי המרכזי הנתמך ע"י מקצועות עיוניים אחרים. הרחבת לימודי המתמטיקה במסגרת של תכנית "מיצוי ומצוינות". לימודי שפות - אנגלית כשפה שניה, ערבית כשפה שלישית. "דיאלוג" – שיח בקבוצות קטנות. עבודות חקר.
שכבת ח'	בבשנה זו יתקיימו מבחני מיצ"ב פנימיים וחיצוניים במתמטיקה, אנגלית, מדעים ושפת אם. המשך לימודי שפות. עבודות חקר. תכנית "מצוינות 2000" לתלמידים מצטיינים מטעם 'המרכז הישראלי למצוינות בחינוך' בשיתוף המינהל הפדגוגי של משרד החינוך, תמשיך להתקיים בשכבות ח' ו-ט'. התכנית נועדה להציב אתגר חינוכי מעמיק לקבוצת תלמידים בעלי פוטנציאל לימודי גבוה ומוטיבציה. "דיאלוג" – שיח בקבוצות קטנות.
שכבת ט'	לימודים ומבואות בזיקה למקצועות הבחירה בחטיבה העליונה. תהליך הכנה לחטיבה העליונה וחשיפה למקצועות הרחבה. לימודי שפות. עבודת חקר. "מצוינות 2000" – קידום מצוינות במתמטיקה ומדעים "נס טכנולוגיות" – תכנית להצמחת מנהיגות להובלת צוותי מחקר בתחום ה'היי-טק' אשר בסופה זוכים המשתתפים בהסמכה בינלאומית בתחום. הלימודים נעים במסלול טכנולוגי ובמסלול פדגוגי, עוסקים בביו-ננו-הנדסה ומכוונים להפקת פרוייקט גמר ברמה גבוהה. "דיאלוג" – שיח בקבוצות קטנות.
שכבת י'	תכנית חינוכית לליווי השתלבות התלמידים בחטה"ע. תחילת מסלול בחינות הבגרות במועד קיץ. לימודי חובה ולימודי בחירה. לימודי מחשבת ישראל כחובה בית-ספרית. נושא שנתי מרכזי: "להיות אזרח" – פעילויות לקראת קבלת תעודות הזהות. "תכנית נס-טכנולוגיות" המשך לתלמידים שהחלו את התכנית בשנה הקודמת. לימודי תעבורה. "דיאלוג" – שיח בקבוצות קטנות.
שכבת י"א	שנה עמוסה ומאתגרת. לימודי מקצועות החובה והבחירה – לקראת בגרויות במועד קיץ. פעילויות בתחום כישורי חיים. מחנה גדנ"ע – התנסות ראשונה לקראת צבא.
שכבת י"ב	שנת הסיום. סדנאות הכנה ומסע לפולין. לימודים לקראת בחינות הבגרות במועדי חורף וקיץ. תכנית חינוכית לקראת גיוס ושנת שירות. הכנות לקראת סיום י"ב כיתות לימוד.
	על כל אלה יתווספו פעילויות חברתיות בית-ספריות ופרויקטים מגוונים: • שבוע אמנות • שח"ק ירוק - שבוע פעילויות בנושאי סביבה • הצגות • סל תרבות
לימודי מוסיקה	הקונסרבטוריון אשר נפתח בתשע"א בתחום בי"ס "שקמה" ימשיך לפעול ולהעניק לתלמידי האזור אפשרות לשלב שיעורי מוסיקה בכלים אותם יבחרו, במהלך יום הלימודים ולאחריו. השנה מתוכנן להתקיים שיעור שבועי אחר הצהרים בו ירכשו המוסיקאים הצעירים ידע בהיבטים העיוניים של המוסיקה