לימודי מחשבת ישראל זוכים להתייחסות מיוחדת במסגרת השקפת עולמו החינוכית של בית-ספר "שקמה". הנושא נלמד מתוך מטרה לבטא גישה פלורליסטית ליהדות ורצון לקרב את המקורות היהודיים הרב-דוריים לתלמידינו כך שיהפכו לחלק משמעותי ממורשתם התרבותית. צוות מורי המקצוע פיתח תכנית רב-שנתית שחלקה מבוסס על עיבוד והרחבה של תכניות קיימות ממרכז "מילטון" מהאוניברסיטה העברית, מסמינר "אורנים" וממשרד החינוך. בכיתות י"א- י"ב התכניות הן בית-ספריות ומעובדות כל שנה מחדש לאור הניסיון והמציאות המשתנה.